Cet article fait partie d'un ensemble de ressources élaborées par l'académie de Strasbourg pour Enseigner avec le numérique, proposant des articles sur :
Un article d'introduction et de présentation de ce dossier est disponible ici : Introduction à l'utilisation du numérique en SVT
L'origine du Yéti
Proposition d’une activité permettant l'utilisation de base de données en ligne et de l'algorithme BLAST pour identifier des séquences.
Référence au programme :
Les SVT contribuent aussi à développer de nouvelles compétences numériques chez les élèves : l’usage des bases de données scientifiques, …
Une formation scientifique développe les compétences d’analyse critique pour permettre aux élèves de vérifier les sources d’information et leur légitimité, puis de distinguer les informations fiables. Ces démarches sont particulièrement importantes en SVT, qui font souvent l’objet de publications « pseudo-scientifiques », voire idéologiques : les professeurs de SVT contribuent à l’éducation des élèves aux médias et à l’information par un travail régulier d’approche critique des informations.
Capacités : Questionner la notion d’espèce en s’appuyant sur les apports modernes du séquençage de l’ADN.
L'activité est proposée sous 3 formes :
- Document + fichier pour logiciels de traitement de données (Anagène, Geniegen) + lien vers BLAST. Télécharger
- Version en ligne avec accès direct à BLAST et formulaire de saisie des résultats en ligne.
- Version pour Moodle avec partage des résultats via Moodle. Télécharger
Auteur : Hervé FURSTOSS, Lycée Louis Armand, Mulhouse
Pour tester directementl'activité en ligne
Références:
Article du Monde 09/07/2014:
https://www.lemonde.fr/sciences/article/2014/07/08/la-genetique-brise-le-mythe-du-yeti_4452683_1650684.html
Article scientifique :
Genetic analysis of hair samples attributed to yeti, bigfoot and other anomalous primates, Sykes et al., 2014
Sykes Bryan C., Mullis Rhettman A., Hagenmuller Christophe, Melton Terry W. and Sartori Michel 2014Genetic analysis of hair samples attributed to yeti, bigfoot and other anomalous primatesProc. R. Soc. B.2812014016120140161
Technique utilisée :
Routine Forensic Use of the Mitochondrial 12S Ribosomal RNA Gene for Species Identification, Melton & Holland, 2007
L'origine du Yéti
Mise en situation : d'après un article du Monde
https://www.lemonde.fr/sciences/article/2014/07/08/la-genetique-brise-le-mythe-du-yeti_4452683_1650684.html
L'origine du Yéti
Il défraie la chronique depuis des lustres. Qu’on l’appelle yéti comme dans l’Himalaya, bigfoot et sasquatch aux Etats-Unis, ou Almasty dans le Caucase, cet être légendaire, mi-homme, mi-bête, fait pour la première fois l’objet d’études scientifiques solides. Une analyse d’ADN de trente échantillons de poils issus de plusieurs continents lève le voile sur le mythe.
« Il y a trois ans, le généticien anglais Brian Sykes est venu me voir, raconte Michel Sartori, le directeur du Musée zoologique de Lausanne. Il voulait consulter les archives que le zoologue Bernard Heuvelmans a léguées au musée. » Celui-ci est considéré comme le fondateur de la crypto-zoologie, l’étude des espèces dont l’existence n’est pas prouvée de manière irréfutable. En 2012, Brian Sykes propose à Michel Sartori d’analyser l’ADN d’échantillons de poils de prétendus yétis. Un appel est lancé sur Internet, et les échantillons affluent.
« Sykes a mis au point une technique d’analyse de l’ADN mitochondrial », explique Michel Sartori. Le poil ne contient ni cellules ni ADN de noyau cellulaire. En revanche, il est parsemé de mitochondries, un élément interne de la cellule qui contient un peu d’ADN exclusivement transmis par la mère.
Une équipe se constitue autour du projet. Elle parvient à récolter 57 échantillons de poils provenant de yetis et êtres apparentés de différentes origines. Finalement 37 échantillons utilisables sont retenus et sur 30 d'entre eux de l'ADN a pu être extrait.
Les 30 séquences retrouvées sont fournies dans le tableau suivant et dans les fichiers joints au format .fasta et .edi pour Anagène ou Geniegen.
|
Point de méthode : La technique utilisée vise à amplifier par PCR une portion de séquence du gène mitochondrial de l'ARN 12S (gène MT-RNR1) d'environ 100 pb. Cette séquence peut ensuite être soumise par BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) pour identifier les séquences homologues présentes chez divers organismes, une technique mise au point en médecine légale pour identifier des ADN d'origine non-humaine. |
- Utilisez l'outil BLAST pour identifier les espèces dont l'ADN a été isolé.
- Exploitez les résultats obtenus pour discuter la nature des prétendus yétis ou autres créatures apparentées.
- Expliquez l'apport des techniques récentes de séquençage de l'ADN au mythe du yéti.
Adresse du BLAST : https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
Voir fin d'article pour les séquences à analyser.
Remarque : Cette activité peut être largement modulée en limitant le nombre de séquence à étudier, en la réalisant de manière collaborative…
Aide : Copier/coller l'une des séquences du tableau ci-dessus dans le formulaire du 'Nucleotide BLAST' pour identifier l'espèce à laquelle appartient l'ADN.
Séquences à analyser :
|
Nom de la séquence |
Séquence |
|
01adn_yeti_Inde_Ladakh |
CTTAGCCTTAAACATAAATAATTTATTAAACAAAATTATTCGCCAGAGAACTACTAGCAACAGCTTAAAACTCAAAGGACTTGGCGGTGCTTTAAACCCTCCTA |
|
02adn_yeti_Bhoutan |
CTTAGCCTTAAACATAAATAATTTATTAAACAAAATTATTCGCCAGAGAACTACTAGCAACAGCTTAAAACTCAAAGGACTTGGCGGTGCTTTAAACCCTCCTA |
|
03adn_yeti_Nepal |
CTTAGCCCTAAACATAAATAATTGTAAAAACAAAATTATTCGCCAGAGTACTACCGGCAACAGCCCAAAACTCAAAGGACTTGGCGGTGCTTTATATCCATCTA |
|
04adn_almasty_Russie |
CTTAGCCTTAAACATAAATAATTTATTAAACAAAATTATTCGCCAGAGAACTACTAGCAACAGCTTAAAACTCAAAGGACTTGGCGGTGCTTTAAACCCCCCTA |
|
05adn_almasty_Russie |
CTTAGCCCTAAACTAAAATAGCTTACCACAACAAAGCTATTCGCCAGAGTACTACTAGCAACAGCCTAAAACTCAAAGGACTTGGCGGTGCTTTACATCCCTCTA |
|
06adn_almasty_Russie |
CTAAACACAGATAATTACATAAACAAAATTATTCGCCAGAGTACTACTAGCAACAGCTTAAAACTCAAAGGACTTGGCGGTGCTTTATAT |
|
07adn_almasty_Russie |
CTTAGCCCTAAACTAAAATAGCTTACCACAACAAAGCTATTCGCCAGAGTACTACTAGCAACAGCCTAAAACTCAAAGGACTTGGCGGTGCTTTACATCCCTCTA |
|
08adn_almasty_Russie |
CTTAGCCCTAAACTAAAATAGCTTACCACAACAAAGCTATTCGCCAGAGTACTACTAGCAACAGCCTAAAACTCAAAGGACTTGGCGGTGCTTTACATCCCTCTA |
|
09adn_almasty_Russie |
CTTAGCCTTAAACATAAGTAATTTATTAAACAAAATTATTCGCCGGAGAACTACTAGCAACAGCTTAAAACTCAAAGGACTTGGCGGTGCTTTAAACCCCCCTA |
|
010adn_almasty_Russie |
CTAGCCCTAAACATAAATAATTAACGTAACAAAATTATTTGCCAGAGAACTACTAGCAACAGCTTAAAACTCAAAGGACTTGGCGGTGCTTTACATCCCTCTA |
|
011adn_almasty_Russie |
CTTAGCCTTAAACATAAATAATTTATTAAACAAAATTATTCGCCAGAGAACTACTAGCAACAGCTTAAAACTCAAAGGACTTGGCGGTGCTTTAAACCCCCCTA |
|
12adn_orang_pendek_Indonesie_Sumatra |
CATAAACCAAAATAATCTCCATAACAAAATTATTCGCCAGAGTACTACTAGCAACAGCCTAAAACTCAAAGGACTTGGCGGTGCTTTATATCCCTCTA |
|
13adn_bigfoot_USA_Arizona |
CCTAGCCCTAAACATAAATAATTAACGTAACAAAATTATTTGCCAGAGAACTACTAGCAACAGCTTAAAACTCAAAGGACTTGGCGGTGCTTTACATCCCTCTA |
|
14adn_bigfoot_USA_Arizona |
CTTAGCCCTAAACACAAATAATTATAAAAACAAAATTATTCGCCAGAGTACTACCGGCAACAGCCCGAAACTCAAAGGACTTGGCGGTGCTTTATACCCTTCTA |
|
15adn_bigfoot_USA_Californie |
CTTAGCCTTAAACATAAGTAATTTATTAAACAAAATTATTCGCCGGAGAACTACTAGCAACAGCTTAAAACTCAAAGGACTTGGCGGTGCTTTAAACCCCCCTA |
|
16adn_bigfoot_USA_Californie |
CTTAGCCTTAAACATAAGTAATTTATTAAACAAAATTATTCGCCGGAGAACTACTAGCAACAGCTTAAAACTCAAAGGACTTGGCGGTGCTTTAAACCCCCCTA |
|
17adn_bigfoot_USA_Minesota |
CCTAACCATAAACATAAAAATTTCCCAACAAAAATTTTTGCCAGAGGACTACTAGCAACAGCTTAAAACTCAAAGGACTTGACGGTGCTTACACCCATCTA |
|
18adn_bigfoot_USA_Minesota |
CTTAGCCTTAAACATAAGTAATTTATTAAACAAAATTATTCGCCGGAGAACTACTAGCAACAGCTTAAAACTCAAAGGACTTGGCGGTGCTTTAAACCCCCCTA |
|
19adn_bigfoot_USA_Oregon |
CTTAGCCTTAAACATAAGTAATTTATTAAACAAAATTATTCGCCGGAGAACTACTAGCAACAGCTTAAAACTCAAAGGACTTGGCGGTGCTTTAAACCCCCCTA |
|
20adn_bigfoot_USA_Oregon |
CTTAGCCCTAAACATAGATAATTTTACAACAAAATAATTCGCCAGAGGACTACTAGCAATAGCTTAAAACTCAAAGGACTTGGCGGTGCTTTATATCCCTCTA |
|
21adn_bigfoot_USA_Texas |
CTTAGCCCTAAACTAAAATAGCTTACCACAACAAAGCTATTCGCCAGAGTACTACTAGCAACAGCCTAAAACTCAAAGGACTTGGCGGTGCTTTACATCCCTCTA |
|
22adn_bigfoot_USA_Texas |
CTTAGCCCTAAACCTCAACAGTTAAATCAACAAAACTGCTCGCCAGAACACTACGAGCCACAGCTTAAAACTCAAAGGACCTGGCGGTGCTTCATATCCCTCTA |
|
23adn_bigfoot_USA_Washington |
CTTAGCCTTAAACATAAGTAATTTATTAAACAAAATTATTCGCCGGAGAACTACTAGCAACAGCTTAAAACTCAAAGGACTTGGCGGTGCTTTAAACCCCCCTA |
|
24adn_bigfoot_USA_Washington |
CTTAGCCCTAAACATAGATAATTTTACAACAAAATAATTCGCCAGAGGACTACTAGCAATAGCTTAAAACTCAAAGGACTTGGCGGTGCTTTATATCCCTCTA |
|
25adn_bigfoot_USA_Washington |
CTTAGCCCTAAACACAGATAATTACATAAACAAAATTATTCGCCAGAGTACTACTAGCAACAGCTTAAAACTCAAAGGACTTGGCGGTGCTTTATATCCTTCTA |
|
26adn_bigfoot_USA_Washington |
CTTAGCCCTAAACATAAATAGTTATATAAACAAAACTATTCGCCAGAGTACTACCGGCAATAGCTTAAAACTCAAAGGACTTGGCGGTGCTTTATACCCTTCTA |
|
27adn_bigfoot_USA_Washington |
CTTAGCCCTAAACACAGATAATTACATAAACAAAATTATTCGCCAGAGTACTACTAGCAACAGCTTAAAACTCAAAGGACTTGGCGGTGCTTTATATCCTTCTA |
|
28adn_bigfoot_USA_Washington |
CTTAGCCCTAAACATAGATAATTTTACAACAAAATAATTCGCCAGAGGACTACTAGCAATAGCTTAAAACTCAAAGGACTTGGCGGTGCTTTATATCCCTCTA |
|
29adn_bigfoot_USA_Washington |
CTTAGCCCTAAACACAGATAATTACATAAACAAAATTATTCGCCAGAGTACTACTAGCAACAGCTTAAAACTCAAAGGACTTGGCGGTGCTTTATATCCTTC |
|
30adn_bigfoot_USA_Washington |
CTTAGCCCTAAACATAGATAATTTTACAACAAAATAATTCGCCAGAGGACTACTAGCAATAGCTTAAAACTCAAAGGACTTGGCGGTGCTTTATATCCCTCTA |
Résultats – Correction :
|
Nom de la séquence |
Espèce identifiée |
Nom commun |
Reference genbank |
|
01adn_yeti_Inde_Ladakh |
Ursus maritimus |
Ours polaire |
KJ155697.1 |
|
02adn_yeti_Bhoutan |
U. maritimus |
Ours polaire |
KJ155722.1 |
|
03adn_yeti_Nepal |
Capricornis sumatraensis |
Saro (forme de chèvre) |
KJ155715.1 |
|
04adn_almasty_Russie |
Ursus arctos |
Ours brun |
KJ155698.1 |
|
05adn_almasty_Russie |
Equus caballus |
Cheval |
KJ155703.1 |
|
06adn_almasty_Russie |
Bos taurus |
Vache |
KJ155704.1 |
|
07adn_almasty_Russie |
Equus caballus |
Cheval |
KJ155705.1 |
|
08adn_almasty_Russie |
Equus caballus |
Cheval |
KJ155709.1 |
|
09adn_almasty_Russie |
U. americanus |
Ours noir |
KJ155710.1 |
|
010adn_almasty_Russie |
Procyon lotor |
Raton laveur |
KJ155711.1 |
|
011adn_almasty_Russie |
U. arctos |
Ours brun |
KJ155723.1 |
|
12adn_orang_pendek_Indonesie_Sumatra |
Tapirus indicus |
Tapir |
KJ155706.1 |
|
13adn_bigfoot_USA_Arizona |
P. lotor |
Raton laveur |
KJ155702.1 |
|
14adn_bigfoot_USA_Arizona |
Ovis aries |
Mouton |
KJ155721.1 |
|
15adn_bigfoot_USA_Californie |
U. americanus |
Ours noir |
KJ155717.1 |
|
16adn_bigfoot_USA_Californie |
U. americanus |
Ours noir |
KJ155718.1 |
|
17adn_bigfoot_USA_Minesota |
Erethizon dorsatum |
Porc-épic |
KJ155712.1 |
|
18adn_bigfoot_USA_Minesota |
U. americanus |
Ours noir |
KJ155713.1 |
|
19adn_bigfoot_USA_Oregon |
U. americanus |
Ours noir |
KJ607607.1 |
|
20adn_bigfoot_USA_Oregon |
Canis lupus/latrans/domesticus |
Loup, Coyote ou Chien |
KJ155724.1 |
|
21adn_bigfoot_USA_Texas |
Equus caballus |
Cheval |
KJ155696.1 |
|
22adn_bigfoot_USA_Texas |
Homo sapiens |
Homme |
KJ155708.1 |
|
23adn_bigfoot_USA_Washington |
U. americanus |
Ours noir |
KJ155699.1 |
|
24adn_bigfoot_USA_Washington |
C. lupus/latrans/domesticus |
Loup, Coyote ou Chien |
KJ155700.1 |
|
25adn_bigfoot_USA_Washington |
Bos taurus |
Vache |
KJ155701.1 |
|
26adn_bigfoot_USA_Washington |
Odocoileus virginianus/hemionus |
Chevreuil |
KJ155707.1 |
|
27adn_bigfoot_USA_Washington |
Bos taurus |
Vache |
KJ155714.1 |
|
28adn_bigfoot_USA_Washington |
C. lupus/latrans/domesticus |
Loup, Coyote ou Chien |
KJ155716.1 |
|
29adn_bigfoot_USA_Washington |
Bos taurus |
Vache |
KJ155719.1 |
|
30adn_bigfoot_USA_Washington |
C. lupus/latrans/domesticus |
Loup, Coyote ou Chien |
KJ155720.1 |