Cet article fait partie d'un ensemble de ressources élaborées par l'académie de Strasbourg pour Enseigner avec le numérique, proposant des articles sur :
Un article d'introduction et de présentation de ce dossier est disponible ici : Introduction à l'utilisation du numérique en SVT
Utilisation de la base de données "Human Protein Atlas"
Base de données en ligne – The Human Protein Atlas :
exemple de base de données en ligne
Un ensemble d'activités intégrant le HPA (Human Protein Atlas), une base de données en ligne consacrée aux protéines humaines. Les activités possibles peuvent se décliner à différents niveaux permettant de réinvestir l’utilisation de la base de données de la prise en main vers l’autonomie tout au long des classes du lycée notamment.
Point info : Présentation de la base de données.
Le Human Protein Atlas est une base de données suédoise visant à fournir des informations diverses sur les protéines humaines dans les cellules, les tissus et les organes en s’appuyant sur différentes technologies (génomique, transcriptomique, protéomique et métabolomique) qui caractérisent et quantifient les protéines et les molécules qui leurs sont liées dans l’espèce humaine. Cette base de données permet une exploration du protéome humain via un site internet.
Le Human Protein Atlas est constitué de douze sections spécialisées chacune dans un aspect de l’analyse des protéines humaines.
Les informations à disposition peuvent permettre de construire une diversité d'activités en classe pour construire des compétences de manipulation de bases de données et éprouver leurs limites.
Exploiter Human Protein Atlas en classe :
Niveau Prise en main :
Exemple 1 : Expression des gènes en seconde, Spécialisation des cellules (2de)
Activité : L’expression des gènes dans les cellules humaines
Exemple 2 : L’expression de l’information génétique (1ère Spécialité SVT)
Activité : Caractériser différents gènes, Rechercher les cellules exprimant certaines protéines étudiées en classe
Exemple 3 : Une base de données histologiques (tous niveaux)
Activité : Découverte de la structure histologique de différents organes
Niveau Consolidation :
Exemple 4 : Localisation des gènes (1ère ou Terminale Spécialité SVT)
Activité : Cartographier les gènes
Exemple 5 : Recherche de cellules exprimant des gènes (1ère Spécialité SVT)
Activité : Production des enzymes digestives par différents organes
Niveau Autonomie :
Exemple 6 : Caractéristiques d’expression des organes (1ère Spécialité SVT)
Activité : La double fonction du pancréas
Exemple 7 : L’expression des gènes dans des cellules spécialisées (1ère ou Terminale Spécialité SVT)
Une diversité d'activités permettant la mise en place et le réinvestissement des compétences d'utilisation de la base de données dans différents contextes.
- Cas 1 : Expression du gène de la CFTR et mucoviscidose
- Cas 2 : Expression de l’ATP synthase (ubiquiste)
- Cas 3 : Expression de l'insuline, du glucagon et de leurs récepteur